#! /usr/bin/env python
# coding=utf-8

# 将miRNA 的fasta文件转化为 fasta文件

import argparse
import sys
from argparse import RawTextHelpFormatter




parser = argparse.ArgumentParser(
    description='''
    用法:
    clus2fasta.py -i result.clus -o miRNA_pre.fa
    ''',formatter_class=RawTextHelpFormatter)



parser.add_argument('-i',
                help='必须给定，输入的clus文件 ')
parser.add_argument('-o',
                help='必须给定，输出的fasta文件 ')



# 取出pasa中被 merge的 mRNA

args = parser.parse_args()

if not args.i or not args.o:
    parser.print_help()
    sys.exit()



# 输出 miRNA 的 fasta文件


infile = args.i


fasta_file = open(args.o,'w')


with open(infile) as fila:
	for i in fila:
		k = i.strip().replace(',','\t').split('\t')
		if len(k)>1:
			fasta_file.write('>'+k[1] + '\n'+k[5]+'\n')
fasta_file.close()